„Žalgirio“ istorija prasidėjo 1944 metais, kai stipriausi Kauno miesto krepšininkai susibūrė į komandą, vėliau tapusią „Žalgirio“ klubu. „Žalgirio“ ekipa nuo pat pirmų gyvavimo metų pradėjo brautis į tuometinės Sovietų Sąjungos krepšinio elitą ir jau 1947 m. pirmą kartą tapo SSRS čempionato aukso medalio laimėtoja. Iš viso iki 1989 metų Kauno „Žalgirio“ ekipa penkis kartus (1947, 1951, 1985-1987 m.) laimėjo aukso medalius, septynis kartus (1949, 1952, 1980, 1983, 1984, 1988 ir 1989 m.) iškovojo sidabrą ir šešis kartus (1953-1956, 1973 ir 1978 m.) užėmė trečiąją vietą.

Nuo 1944 m. „Žalgirio“ komandoje žaidė tokios krepšinio žvaigždės, kaip Stepas Butautas, Vytautas Kulakauskas, Justinas Lagunavičius, Kazimieras Petkevičius, Vincas Sercevičius, Stanislovas Stonkus, Algirdas Linkevičius, Modestas Paulauskas, Valdemaras Chomičius, Arvydas Sabonis, Rimas Kurtinaitis, Sergejus Jovaiša, Gintaras Einikis, Arūnas Visockas, Saulius Štombergas ir kiti.

1981 m. „Žalgirio“ istorijoje – dar vienas naujas puslapis. Komanda pirmą kartą dalyvavo Europos taurių laimėtojų turnyre, kuriame pasiekė ketvirtfinalį.

Kitas bandymas įsiveržti į pajėgiausių Europos krepšinio klubų gretas daug sėkmingesnis – 1985 m. „Žalgiris“ toje pat Europos taurių laimėtojų taurėje iškopė į finalą ir tik ten pralaimėjo garsiajam „Barcelona“ (Ispanija) klubui.

1986 m. sezonas buvo turbūt pats sėkmingiausias per visą „Žalgirio“ klubo gyvavimo istoriją. Europos čempionų taurės turnyre debiutavusi komanda pasiekė taurės finalą ir lemiamose rungtynėse tik po atkaklios kovos nusileido Zagrebo „Cibona“ krepšininkams. Tačiau už šį pralaimėjimą kauniečiai atsirevanšavo Argentinoje vykusiame stipriausių pasaulio klubų turnyre Tarpžemyninei W.Joneso taurei laimėti, pusfinalyje įveikę Zagrebo klubą. Pergalė šios taurės turnyre pelnė „Žalgiriui“ pripažinimą visame pasaulyje.

Devintojo dešimtmečio viduryje „Žalgiris“ metė iššūkį tuo metu stipriausiam Sovietų Sąjungos klubui – „amžinam“ SSRS čempionatų nugalėtojui Maskvos CSKA. Kauno komanda privertė maskviečius pripažinti pranašumą net trejus metus iš eilės (1985-1987 m.).

„Žalgirio“ komandos lyderiai nuolat sėkmingai rungtyniavo Sovietų Sąjungos rinktinėje. A.Sabonis, V.Chomičius ir R.Kurtinaitis 1986 metais tapo pasaulio vicečempionais, o 1988-aisiais laimėjo Seulo olimpinių žaidynių aukso medalius.

1989 m. Europos taurių laimėtojų taurės turnyre „Žalgiris“ pasiekė pusfinalį.

Atsiradus galimybei ištrūkti už geležinės uždangos sienų, prieš pat 1989-1990 m. sezoną komandą paliko beveik dešimtmetį pergales skynę lyderiai A.Sabonis, S.Jovaiša, G.Krapikas, V.Chomičius, A.Visockas ir A.Brazys.

Atėję jauni krepšininkai 1990 m. tęsė kovas SSRS čempionate, tačiau Lietuvai paskelbus Nepriklausomybę, „Žalgirio“ komanda pasitraukė iš Sovietų Sąjungos pirmenybių. Į Lietuvos krepšinio pirmenybes grįžę žalgiriečiai be didesnių pastangų laimėjo tris čempionatus iš eilės. Tačiau nedidelė sportinė konkurencija šalies pirmenybėse netenkino „Žalgirio“. Buvo ieškoma įvairiausių varžybų ir turnyrų užsienyje.

1992 m. „Žalgiris“ laimėjo „Profbasket“ lygos, kurioje dalyvavo Estijos, Ukrainos, Rusijos ir Lietuvos komandos, turnyrą. Tų pačių metų vasarą trys „Žalgirio“ krepšininkai (G.Einikis, A.Visockas ir Romanas Brazdauskis) kartu su dauguma buvusių mūsų klubo narių iškovojo Barselonos olimpinių žaidynių bronzos medalius.

1993 m. – permainų Lietuvos krepšinyje metai. 10 geriausių šalies komandų susibūrė į Lietuvos krepšinio lygą (LKL). Prasidėjo profesionalaus krepšinio šalyje kūrimas ir stiprinimas. Laimėdamas LKL čempionatus, tuo pačiu metu „Žalgiris“ atkakliai bandė prasimušti tarp geriausių Europos klubinių komandų. Ir nors niekaip nepavykdavo žengti lemiamo žingsnio, klubo vadovai stiprino ekipos sudėtį ir neslėpė savo tikslo: „Žalgirio“ komandos užduotis – patekti į Eurolygą, kurioje žaidžia stipriausi Europos klubai.

Įgyvendinti svajonę pavyko iš trečio karto. 1998 m. stipriausias Lietuvos klubas laimėjo Europos klubų taurės turnyrą ir pelnė taip ilgai trokštą kelialapį į elito varžybas.

1998-1999 m. Eurolygos debiutantė Kauno „Žalgirio“ krepšinio komanda puikiai pasirodė reguliariajame sezone. Žalgiriečiai iškovojo 8 pergales ir lyderiavo savo grupėje. Antrajame Eurolygos etape „Žalgiris“ rungtyniavo taip pat sėkmingai. Jų vienuoliktoji pergalė ne tik užtikrino pirmą vietą grupėje, bet ir tolimesnėse atkrintamosiose varžybose suteikė savo aikštės privalumą.

Visos atkrintamosios rungtynės buvo laimėtos pakankamai lengvai. Prieš žalgiriečių puikų žaidimą neatsilaikė dvi Stambulo komandos „Ulker“ ir „Efes Pilsen“. Finalinio ketverto varžybos vyko Miunchene (Vokietija). Pusfinalyje „Žalgiris“ sutriuškino Pirėjo „Olympiacos“ komandą. Finale prieš lietuvius stojo Eurolygos čempionų titulą gynusi Bolonijos „Kinder“ ekipa, bet italai nesugebėjo pasipriešinti „Žalgiriui“. Pergalė – 82:74, ir neįtikėtina sėkmė finaliniame ketverte! Mes – Eurolygos nugalėtojai!

Sezono pabaigoje prie stipriausio Europos klubo vardo „Žalgiris“ pridėjo LKL ir Šiaurės Europos krepšinio lygos (NEBL) čempionų titulus.

Po triumfo Eurolygoje „Žalgirio“ žaidėjus išgraibstė turtingieji Europos klubai. Teko burti naują komandą, kuri turėjo toliau sėkmingai kovoti dėl stipriausio Lietuvos ir Baltijos šalių komandos vardo bei mėginti grąžinti ekipą į Eurolygos finalo ketverto varžybas. Šį tikslą beveik pavyko pasiekti 2004 metais, kai komandoje po ilgos pertraukos vėl rungtyniavo A.Sabonis. Dabar pergalių Eurolygoje siekia nauja karta.

Iš viso per 15 LKL sezonų „Žalgiris“ 12 kartų tapo LKL čempionais (1994-1999, 2001, 2003, 2004, 2005, 2007, 2008 m.). 2005 ir 2008 metais Kauno klubas triumfavo Baltijos krepšinio lygos (BBL) turnyre. Du sezonus iš eilės laimėtas po pertraukos surengtas Lietuvos krepšinio federacijos taurės turnyras.

Dviejų stipriausių pasaulio krepšinio lygų NBA ir Eurolygos pastangomis 2006 m. startavo projektas „NBA Europe Live“, kuriame dalyvauja pajėgiausios Šiaurės Amerikos ir Europos krepšinio komandos. Tęsiant abiejų lygų bendradarbiavimą, 2007 m. pripažinimo sulaukė Kauno „Žalgirio“ klubas. Vasarą Lietuvos krepšinio lygos čempionai gavo kvietimą iš NBA ir Eurolygos spalio 13-19 d. sužaisti trejas rungtynes Šiaurės Amerikoje.

Pasak Eurolygos vadovo Jordi Bertomeu, tokios garbės legendinis „Žalgiris“ yra vertas už garsų savo vardą ne tik Europoje, bet ir Amerikoje.